Yonaguni forma parte del archipiélago japonésde Ryukyu, siendo una isla de 10 km de ancho por 3 de ancho. En 1987 el profesor de buceo Kihachiro Aratake, buscando las zonas de reproducción de los peces martillo, descubrió los restos de un antiguo templo, que recordaba a las Pirámides de Egipto.

Masaaki Kimura, profesor de la Universidad de Ryukyu fue el primer investigador en estudiar el monumento de Yonaguni, concluyendo en 1992 que la construcción piramidal es artificial y mide más de 150 metros de longitud y su altitud equivaldría a 8 pisos.

La noticia de las ruinas sumergidas de Yonagunillegaron a Occidente gracias al matrimonio Hagland, que eran fotógrafos submarinos.

Las fotos realizadas por el matrimonio llamaron la atención al periodista Graham Hancock, autor de Las huellas de los dioses, que acudió a ver los restos de aquel templo y vio que se trataba de una especie de pirámide escalonada que formaba una gran área ceremonial religiosa.

Esa construcción tuvo que ser levantada cuando la zona estaba por encima del nivel del mar, es decir, en la época glacial, cuando la zona pasó el deshielo. Se calcula entonces, que las ruinas de Yonaguni datan del octavo milenio antes de Jesucristo, convirtiéndose (según Kimura) en la construcción más antigua del mundo.

Maasaki Kimura apunta también que pudo tratarse de un reloj astronómico ya que, en aquella época, se situaba en el Trópico de Cáncer, con una orientación en sentido norte-sur.

En 1997 el doctor Robert Schoch, de la Universidad de Yale, fue el primer occidental en estudiar los restos sumergidos de Yonaguni. En 1998 volvió a Japón con el proyecto arqueológico submarino Equipo Atlantis, que filmaron las ruinas sumergidas. En esas filmaciones destaca una formación piramidal de 80 metros rodeada de monumentos con ángulos rectos y escaleras enclavadas en la roca.

También encontraron una especie de megalitos que la naturaleza no había podido crear. Pero el doctor Schoch achaca aquellas asombrosas formaciones a las corrientes y mareas que son muy fuertes en la zona, capaces de romper y arrastrar rocas, dando lugar a estos diseños espectaculares. También argumenta que los corales, esponjas y algas dan una percepción más artificial al conjunto.

Por último concluye que Yonaguni se encuentra propensa a terremotos, que "fragmentan rocas de manera regular".

Para los defensores de que Yonaguni ha sido levantada por el hombre, entre los que sobresale Maasaki Kimura, se basan en que, en la terraza superior del monumento, hay formas que parecen esculpidas.

Tampoco se rechaza la idea de que el monumento de Yonaguni fuera natural y que hubiera servido de alguna utilidad para los hombres de la antigüedad.

Yonaguni sería una construcción natural; sin embargo, esto no impide que una cultura ancestral hubiera utilizado este recinto como lugar sagrado o un santuario, ya que no tenía por qué estar sumergida hace miles de años.